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La Suisse traque les variants du Covid-19

Un laborantin prépare des échantillons de Sars-CoV-2 pour le séquençage du génome : rien qu'en août, plus de 5600 séquences ont été analysées dans toute la Suisse. © KEYSTONE/CHRISTIAN BEUTLER
Un laborantin prépare des échantillons de Sars-CoV-2 pour le séquençage du génome : rien qu'en août, plus de 5600 séquences ont été analysées dans toute la Suisse. © KEYSTONE/CHRISTIAN BEUTLER


Publié le 13.10.2021
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Une plateforme regroupe désormais toutes les séquences génétiques du corovirus récoltées en Suisse. L'objectif est de renforcer la surveillance des variants et la participation à la recherche internationale.

Les données issues du séquençage n'ont de sens que si elles sont coordonnées et mises en réseau de manière standardisée le plus rapidement possible, a annoncé mercredi l'Institut suisse de bioinformatique (SIB). L'infrastructure appelée plateforme suisse de surveillance des pathogènes (SPSP) est destinée à le garantir, presque en temps réel. Sur la plateforme, les séquences du virus sont couplées, entre autres, à la date et au lieu du test PCR ainsi qu'au sexe et à l'âge de la personne testée.

Trois fois par semaine, la plateforme envoie les informations sur le Sars-CoV-2 à l'Office fédéral de la santé publique. En combinaison avec d'autres informations telles que les hospitalisations et les symptômes, le profil d'une mutation émergente peut par exemple être déterminé.

Peu de chances de passer inaperçu

Les séquences reçues jusqu'à présent proviennent de presque tous les cantons. "Cela signifie que les nouvelles variantes ont peu de chances de passer inaperçues", a déclaré Aitana Lebrand, responsable du SPSP, à l'Institut (SIB).

Les séquences génomiques anonymisées alimentent également les bases de données internationales afin de soutenir les travaux de la communauté des chercheurs dans le monde entier. Ces bases de données accessibles au public aident les chercheurs à déterminer la pathogénicité (c'est-à-dire le risque ou qualification du risque pathogène propre au déclenchement d’une maladie) des différents variants du virus ou à développer des vaccins et des traitements.

Avant la pandémie du Covid-19, la plateforme suisse s'occupait à surveiller les souches bactériennes multirésistantes.

ats

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